Los primeros datos históricos le sitúan como Alfoz de Lerma. Más tarde se incorporó al partido de Candemuñó. Aparece citada en el cartulario del Monasterio de San Pedro de Arlanza en 1062 como "villam sancti genesii". En 1587 se denomina aún de "San Ginés" pero ya en 1591 es nombrada como "Santa Inés de Lerma".

El pueblo es varias veces mencionado en el archivo histórico de la Catedral de Burgos. También es mencionado en el Boletín de la Institución Fernán González en el que hace referencia a un impuesto que pagaba el pueblo junto con otros municipios de la comarca. Con la llegada de la guerra civil española, los hechos trágicos ocurridos por toda España también hicieron mella en el municipio. Varios vecinos de localidades cercanas así como algunos lugareños, incluido el Alcalde, Heliodoro Barbero Urien, fueron asesinados. En agosto de 2006, se desenterró una de las fosas comunes donde se encontraban algunas de estas personas y se hizo un homenaje y enterramiento digno para ellas.